黑太阳731续集之杀人工厂本剧讲述了哥哥洸人与泛自闭症的弟弟美路人相依为命。配合着只要在固定作息中就能无碍生活的美路人，洸人风平浪静地过着稳定无事的日子。有一天，在两人的身边，突然出现了一个自称“狮子”的小男孩，而他们不得不收留了他，故事由此开始。虽然还不习惯，但在与“狮子”三人一起生活的过程中，兄弟俩明白了他被寄养的背景和“某个事件”有关，从此平静的日子开始被暴风雨般的漩涡吞没。